注文する店舗によって適格請求書発行事業者登録番号は変わりますか？

変わりません。

お弁当デリではご注文の店舗・商品に関わらず、お弁当デリの適格請求書発行事業者登録番号で請求書を発行しております。

下記が登録番号になります。

登録番号: T9010401051681

参考: 国税庁 インボイス制度 適格請求書発行事業者 公表サイト